Τα προλεγόμενα στον Πρόδρομον της Ελληνικής Βιβλιοθήκης (1805) αποτελούν κατά το μεγαλύτερο μέρος οι «Στοχασμοί αυτοσχέδιοι περί της Ελληνικής παιδείας και γλώσσης [...]» με περιεχόμενο παιδαγωγικό: πώς πρέπει οι νεώτεροι Έλληνες να καταστούν κοινωνοί της προγονικής γλώσσας, η γραμματική, ζητήματα νεωτερισμών (βαρβαρισμών)-σολοικισμών-ακυρολογίας-καταχρήσεων-αρχαϊσμών, η αποκλειστική διδασκαλία της γραμματικής ως γλωσσική σπουδή, η ιεράρχηση κατά τη διδασκαλία των μερών του λόγου (με έμφαση στο ρήμα), τα εγχειρίδια γραμματικής και συντακτικού του Απολλωνίου και του Θεοδώρου Γαζαίου, το συντακτικό, η αρχαιοελληνική θεματογραφία και η ορθή εφαρμογή της, η «εξήγησις» ως «το αντίστροφον της θεματογραφίας», η διδακτική αποτυχία στις αμέθοδες σχολικές παραδόσεις και οι συνέπειές της, το πρόβλημα της εμφιλοχώρησης ξενισμών (τουρκισμών, γαλατισμών, ιταλισμών, γερμανισμών), χυδαϊσμών και μακαρονιστικών φαινομένων στη νεώτερη γλώσσα, η συνδιδασκαλία αρχαίας και κοινής καθομιλουμένης, η μελέτη των αρχαίων διαλέκτων ξεχωριστά από τη μετακλασική επονομαζόμενη Κοινή, η σύνταξη αναγνωστικών εγχειριδίων και επιλογή κειμένων, μία ενδεικτική ανθολογία αρχαιοελληνικών κειμένων με ηθικοπλαστικό περιεχόμενο, ευπρόσφορες και θελκτικές μέθοδοι διδακτικής, η σημασία της μελέτης της αρχαίας φιλοσοφίας παράλληλα προς το μάθημα των θρησκευτικών. Τα προλεγόμενα στους επόμενους τόμους της «Ελληνικής Βιβλιοθήκης» περιέχουν τη συνέχεια των Κοραϊκών στοχασμών, με τίτλο «Ακολουθία των αυτοσχεδίων στοχασμών περί της Ελληνικής παιδείας και γλώσσης [...]». Στην έκδοση του Ισοκράτη γίνεται λόγος για τη ρητορική τέχνη (σημασία, ιστορία, είδη/γένη, κυριότεροι εκπρόσωποι, διδασκαλία, στόχοι, προϋποθέσεις). Στα προλεγόμενά του συχνά, όπως κάνει στην έκδοση του Ισοκράτη, αναφέρεται στα πλεονεκτήματα και μειονεκτήματα των προηγουμένων εκδόσεων: καλή χρήση των χειρογράφων, εύληπτες αναφορές, διεξοδικές και ουσιαστικές παρατηρήσεις, αλλά και απεραντολογίες και αλλότριες παρεκβάσεις.

Στα προλεγόμενα του πρώτου τόμου της έκδοσης με τους Βίους του Πλουτάρχου (1809), όπου έχουμε επίσης «Ακολουθία των αυτοσχεδίων στοχασμών περί της Ελληνικής παιδείας και γλώσσης», προδίδεται το λεξικογραφικό ενδιαφέρον του Κοραή και το ενδιαφέρον του για τη σημασία της κυκλοφορίας πολιτικών και φιλολογικών εφημερίδων. Στον τρίτο τόμο περιλαμβάνει διορθωτικά και γραμματικά-ετυμολογικά που προκύπτουν από τη συνεξέταση της αρχαίας και της νεώτερης γλώσσας. Στον τέταρτο τόμο ασχολείται με την εξέταση της ιστορίας των λέξεων και τη σχέση φιλολόγων και φιλοσόφων. Τα προλεγόμενα στην έκδοση των Αισωπείων Μύθων (1810) είναι αρκετά χαρακτηριστικά: αναφέρεται στη θεωρία του μύθου και στην ιστορία των συλλογών με μύθους από τα κλασικά χρόνια μέχρι τη βυζαντινή και τη νεώτερη ευρωπαϊκή παραγωγή, τη μυθιστορία του Αισώπου (Βίος Αισώπου) και τη σωζόμενη ανεκδοτολογία, τα πλεονεκτήματα και τις πηγές των διαφόρων προηγηθεισών εκδόσεων, τις ατέλειες των εκδόσεων και τη δυσκολία της αποκάθαρσης του προς έκδοση υλικού που προέρχεται από διάφορες μυθολογικές πηγές. Στην έκδοση του Αισώπου και στις περισσότερες από τις λοιπές το συνήθως αλάνθαστο φιλολογικό-εκδοτικό ένστικτο του Κοραή τον ωθούσε σε περιστασιακές αναφορές στο θέμα της πρόσληψης του κλασικού κειμένου κατά τους μεταγενέστερους αιώνες. Χρησιμοποιώντας σχήμα πρωθύστερον θα λέγαμε πως με το φιλολογικό ένστικτό του πρόλαβε να ικανοποιήσει έστω κατά το ήμισυ τα κριτήρια για την αισθητική της πρόσληψης, που ανέφερε ο Manfred Fuhrmann σχετικά με την ανεπαρκή λογοτεχνική εξέταση από τη σύγχρονη κλασική φιλολογική επιστήμη. Εύστοχα η λογοτεχνική κριτική μνημόνευσε ιδιαίτερα το διήγημα για τον Παπά Τρέχα από τα προλεγόμενα στη Βολισσία έκδοση της ομηρικής Ιλιάδος.

Με τα προλεγόμενά του φροντίζει να συνεισφέρει νέα στοιχεία. Στα «Προλεγόμενα της Γεωγραφίας του Στράβωνος», εκτός από τη θεώρηση των προηγηθεισών εκδόσεων του αρχαίου γεωγράφου, παρελαύνουν οι αρχαίες πηγές του έργου του με αρκετές γραμματολογικές πληροφορίες, που από μόνες τους είναι ικανές να αποδείξουν την ανάγκη της νέας Κοραϊκής έκδοσης. Στα προλεγόμενα της δεύτερης έκδοσης του Περί αέρων, υδάτων, τόπων του Ιπποκράτη «ο Κοραής επιχειρούσε μια δυναμική παρέμβαση στη νεοελληνική ιατρική παιδεία καλώντας τους νέους σπουδαστές ν’ ακολουθήσουν το δρόμο του Ιπποκράτη και όχι των «γοήτων» γιατρών, που επιπόλαζαν και τότε στην Ελλάδα. Αυτό σήμαινε πρωτίστως ότι όφειλαν να εκσυγχρονίσουν και να εξανθρωπίσουν την άσκηση της επιστήμης τους»: Η ιπποκρατική κλασική παράδοση ως βάση της ανθρωπιστικής ιατρικής παιδείας.

Όλα αυτά λίγο ή πολύ συνιστούν το θεματολόγιο των επιτασσομένων σημειώσεων στις Κοραϊκές εκδόσεις. Όσο προχωρούσε η σειρά, καθώς είχε ξεσπάσει ο αγώνας της εθνικής Παλιγγενεσίας, ο Κοραής επέμενε και λιγότερο στα εκδοτικά και τα κωδικολογικά, τονίζοντας την πατριωτική συνείδηση.

Σε βασικό εγκυκλοπαιδικό άρθρο που διαθέτουμε για τον σοφό γέροντα της Χίου, ο Παντελάκης απαριθμούσε τις κρίσεις ξένων ελληνιστών για το έργο του Κοραή, όπως του Ελβετού Sinner για τη γαλλική έκδοση των Χαρακτήρων του Θεοφράστου (ότι η εισαγωγή διακρίνεται για τη φιλολογική επιμέλεια και τη βιβλιογραφική πολυμάθεια). Τους «Αυτοσχεδίους Στοχασμούς» ως φιλολογικό κείμενο επαίνεσε από τους συγχρόνους του Κοραή λόγιους ιδιαίτερα ο Κ. Βαρδαλάχος. Στην επανέκδοση των Προλεγομένων από το Μ.Ι.Ε.Τ. τα προλογικά σημειώματα των Κ. Θ. Δημαρά, Εμμ. Ν. Φραγκίσκου, Λ. Δρούλια συνοψίζουν τα κυριότερα σημεία του Κοραϊκού στοχασμού και επιχειρηματολογίας. Εμείς επιμείναμε στο θέμα του ιδιαίτερου φιλολογικού χαρακτήρα των Προλεγομένων. Φαίνεται ότι το είδος του πλατωνικού λογοτεχνικού διαλόγου ως πλαισίου εκφοράς ιδεών δεν άφησε αδιάφορο τον Κοραή  συχνά διαπιστώνουμε ότι διάφορα παρένθετα πολιτικά κείμενα εκφέρονται ως προλεγόμενα σε διαλογική μορφή. Γενικώς μπορούμε να συμφωνήσουμε με τον Εμμ. Ν. Φραγκίσκο ότι μέσα από αυτά τα διαπνεόμενα από ορθολογιστικό πνεύμα επιστημονικά (για τα μέτρα της εποχής τους και την πρωτοτυπία τους στην ελληνική βιβλιογραφία) δοκίμια, «αυτά τα λαμπρά τεκμήρια της φιλολογικής του ευρυμάθειας και οξύνοιας –αρετών προ πολλού αναγνωρισμένων από τους ευρωπαίους φιλολόγους– απέβλεπε να εισαγάγει τους Έλληνες δασκάλους και σπουδαστές των ελληνικών γραμμάτων στα λογής προβλήματα των κειμένων, ιστορικά, φιλολογικά, εκδοτικά, και να τους καθοδηγήσει να κατανοήσουν πόσο σημαντική και συνάμα δύσκολη υπόθεση ήταν η έκδοση ενός αρχαίου συγγραφέα αλλά και πόσο χρειαζόταν το κέντρο βάρους της μάθησης να μετατοπιστεί από τα «καλά γραμματικά» στο περιεχόμενο, στα «πράγματα των κειμένων», σε ύλη δηλαδή κατεξοχήν πρόσφορη για την άσκηση της κρίσης: «της Ελληνικής γλώσσης η παράδοσις σκοπόν έχει προηγούμενον τα πράγματα, και δεν καταγίνεται εις τας λέξεις πλην τόσον μόνον όσον συμβάλλουσιν εις την κρίσιν των πραγμάτων ότι έργον του παραδίδοντος διδασκάλου είναι να εμβάση σύνωρα εις τας κεφαλάς των νέων το μέγα της κρίσεως μάθημα» (Προλεγόμενα στους μύθους του Αισώπου). Γι’ αυτό οι εισαγωγές δεν γράφτηκαν με το αυστηρό ύφος μιας επιστημονικής πραγματείας αλλά με τον επαγωγό τρόπο, την αφηγηματική τέχνη και τον παλμό ενός διδακτικού κειμένου», καθώς «η επίδειξη αρχαιογνωσίας δεν υπήρξε αυτοσκοπός στον Κοραή, όσο ήταν μέσο και πηγή ερεθισμάτων για να οδηγείται κάθε φορά στο αντικείμενο που μονοπωλούσε τις φροντίδες του, στη σύγχρονη κατάσταση του Ελληνισμού». Έτσι, στα προλεγόμενα των Πολιτικών του Αριστοτέλη προσπάθησε να συμφιλιώσει τον αριστοτελικό στοχασμό με τις επιταγές του Διαφωτισμού, συνδυάζοντας την πολιτική κοινωνία με τον άνθρωπο-πολίτη. Τα προλεγόμενά του έχουν ανεξάντλητο (εκ)παιδευτικό προβληματισμό. Γι’ αυτό και δεν ήταν ένα αποκλειστικά κείμενο του γαλλικού Διαφωτισμού ή ένα στείρο γέννημα του παριζιάνικου λογιοτατισμού, αλλά καρπός του σφρίγους και της έγνοιας του για γλώσσα και παιδεία, μες στα γενικότερα διαφέροντα που απέδωσαν οι ειδικοί στο νεοανθρωπιστικό ρεύμα. Πάντως, στις φιλογενείς παραινέσεις του για τη μορφοποιό παιδεία των ομοεθνών του η φιλολογική ενατένιση παρέμενε ουσιαστικός και αναπόσπαστος παράγοντας, αφού η προσέγγιση των κλασικών παραγματοποιήθηκε υπό μιαν έντονη ηθική αντίληψη («moral sense») με ταυτόχρονο ενεργητικό ενδιαφέρον για ό,τι αποκαλούν οι ιστορικοί παρόν και μέλλον, μη αποκλειομένης και της ιστορικής βαθμίδας του παρελθόντος στο πλαίσιο της συνθεώρησης των πολιτισμών (κυρίως του αρχαιοελληνικού κλασικού κόσμου), όπως έγινε αντιληπτό από τα προαναφερθέντα δείγματα. Με άλλα λόγια, πρώτιστο φιλολογικό μέλημα του Κοραή κατά τη συγγραφή των προλεγομένων του υπήρξε η έξαρση του προγονικού μεγαλείου, η προβολή της πατρογονικής κληρονομιάς και η προβολή της στους μεταγενέστερους επιγόνους της. Τα προλεγόμενα του Κοραή προσφέρουν γνώσεις για τη γραμματική, την ιστορία της Ελληνικής και τη σύγχρονη ιστορική πραγματικότητα, δηλαδή για όλα αυτά τα ενδιαφέροντα στοιχεία που εκαυχάτο ο J. B. Bauer ότι μπορούσε να παράσχει η κειμενοκριτική εργασία.