Η αφηγηματική πεζογραφία του Βιζυηνού έχει εντελώς προσωπικό χαρακτήρα. Ψυχολογική κατά βάθος και ψυχογραφική, παρ’ όλα τα ηθογραφικά της στοιχεία, εμφανίζεται αρμονικά υποταγμένη στις απαιτήσεις της πλοκής και του μύθου, με σκοπό ν’ αποκαλύψει βαθμιαία το υπόστρωμα της ιστορίας. Ο μύθος και η πλοκή γίνονται ο κεντρικός μοχλός, που προκαλεί και οξύνει τις ψυχολογικές καταστάσεις και, συχνά, οδηγεί τα πρόσωπα σε μια οξύτατη κρίση συνειδήσεων. Η συντριβή, η χριστιανική αφοσίωση, η αγάπη και η συγγνώμη αποτελούν τις μόνες διεξόδους απ’ αυτήν την κρίση, κι έρχονται για να φέρουν την κάθαρση στο τέλος. Σε κάθε διήγημά του, σύμφωνα με την παρατήρηση του I. Μ. Παναγιωτόπουλου, «υπάρχει και μια κρίση συνείδησης, ένα πρόβλημα "ψυχικό, που βρίσκει τη λύση του μαλακά-μαλακά, με τη συγγνώμη, με τον έλεον, με την ανθρωπιά» — όταν, βέβαια, και σε όσο βαθμό τη βρίσκει, αφού όχι σπάνια η λύση ταυτίζεται με την κάθαρση της αρχαίας τραγωδίας ή και με την ισόβια συντριβή. Χαρακτηριστική είναι η κατάληξη στο «Αμάρτημα της μητρός μου», ύστερα απ’ την εξομολόγηση της μητέρας στον Πατριάρχη· μια λύση, σε τελευταία ανάλυση, δίχως λύση:
«Όταν εφθάσαμεν εις το κατάλυμά της, εξήγαγεν εκ του κόλπου της έναν σταυρόν, δώρον της Παναγιότητός του, τον εφίλησε και ήρχησε να τον περιεργάζεται, βυθιζόμενη ολίγον κατ’ ολίγον εις σκέψεις.
»—Kαλός άνθρωπος, τη είπον, αυτός ο Πατριάρχης. Ορίστε; Τώρα πια πιστεύω, ότι ήλθεν η καρδιά σου στον τόπον της.
»Η μήτηρ μου δεν απεκρίθη.
» —Δεν λέγεις τίποτε, μητέρα; την ηρώτησα μετά τινός δισταγμού.
»—Τι να σε πω, παιδί μου! απήντησε τότε σύννους καθώς ήτον ο Πατριάρχης είναι σοφός και άγιος άνθρωπος. Γνωρίζει όλαις ταις βουλαίς και τα θελήματα του θεού, και συγχωρνά ταις αμαρτίαις όλου του κόσμου. Μα, τι να σε πω! Είναι καλόγερος. Δεν έκαμε παιδιά, για να μπορή να γνωρίση, τι πράγμα είναι το να σκοτώση κανείς το ίδιο το παιδί του!
»Οι οφθαλμοί της επληρώθησαν δακρύων και εγώ εσιώπησα.»
Από τα κυριαρχικά γνωρίσματα της πεζογραφίας του είναι αυτός ο τόνος της ανθρωπιάς και της επώδυνης τρυφερότητας. Υπάρχει, αναντίρρητα, εδώ κι εκεί και κάποιο χιούμορ, μια ελαφριά ειρωνεία. Μα τόσο διακριτικά, τόσο άκακα, που άλλο δεν κάνουν παρά να τονίζουν με την αντίθεση τα δραματικά στοιχεία. Το πλαίσιο μένει συνήθως ηθογραφικό, δίνοντας στο συγγραφέα την ευκαιρία να παρουσιάζει, παράλληλα με την κυρίως διήγηση, και μιαν εικόνα της ζωής των χωριών της Θράκης, με τις δοξασίες, τις προλήψεις και τα ήθη τους. «Αλλά θα αποκαλύπταμε περισσότερο», καθώς το σημείωσε κι ο Πέτρος Χάρης,
«το μυστικό της τέχνης ή, αν θέλετε, της τεχνικής του Βιζυηνού, αν υπογραμμίζαμε τούτο το βασικό: προσέχει τα εξωτερικά στοιχεία του αφηγηματικού λόγου, για να περάσει με ασφάλεια στη βαθύτερη υπόσταση του ανθρώπου κ’ εκεί να επιμείνει, να επιμείνει πολύ, και να πολιορκήσει τη συνείδηση του και να την δει στην όποια αναταραχή της, στην οποία κρίση που την βασανίζει ή και την δυναμώνει. Κι ολ’ αυτά, που είναι καθαρή ανταρσία στην καθιερωμένη λογοτεχνία της εποχής, γίνονται χωρίς θόρυβο, χωρίς μανιφέστα και χωρίς προκλήσεις. Έχουν το βάρος του αληθινού γεγονότος, που δε χρειάζεται τον αλαλαγμό της λογοτεχνικής φατρίας».
Έτσι, κέντρο στα διηγήματα και στις νουβέλες του αποτελεί ο άνθρωπος. Γι’ αυτό, αν και οι ιστορίες του εκτυλίσσονται συχνότατα στο φυσικό και στο αγροτικό περιβάλλον, η φύση, μολονότι δεν παραλείπει εδώ κι εκεί να την περιγράφει, εμφανίζεται κάπως αφηρημένη, κι έχεις παράδοξα την αίσθηση πως επικρατεί ο κλειστός χώρος. Τη φύση ο Βιζυηνός την κοιτάζει πιο πολύ με το μάτι του ρομαντικού. Στο αφηγηματικό του έργο, εξ άλλου, όπως και στο ποιητικό, καταφέρνει σ’ ένα θαυμαστό κράμα να συνδυάζει τη λογιότητα με τα λαϊκά και τα δημοτικά στοιχεία. Σε τελική ανάλυση όμως, ό,τι τον ενδιαφέρει είναι ο άνθρωπος, η ψυχολογία του και η μοίρα του — και μάλιστα, καθώς το βλέπουμε καθαρότερα στον Μοσκώβ Σελήμ και στο Ποίος ήτον ο φονεύς του αδελφού μου, όχι ο στενά περιορισμένος στα όρια της εθνότητας. Γι’ αυτό, παρά τις πετυχημένες κάποτε περιγραφές, η φύση απομένει συνηθέστερα διακοσμητική. Υπάρχει γύρω, μα σπάνια γίνεται πραγματική και ζωντανεύει. Ενώ οι ανθρώπινοι χαρακτήρες του αναλύονται και ψυχογραφούνται, με μια διεισδυτικότητα που σε λιγοστές περιπτώσεις ξαναγνώρισε η πεζογραφία μας.
Ο Βιζυηνός φαίνεται να είχε φλέβα μυθιστοριογράφου — κι ας συνόψισε τους μύθους του σε διηγήσεις με μικρότερη έκταση. Ο πυρήνας μερικών αφηγηματικών του έργων έχει μέσα του «δυνάμει» τα συστατικά του μυθιστορήματος. Ο Παλαμάς το παρατήρησε κι αυτό, σημειώνοντας πως
«τα ολίγα διηγήματά του, ευμεγέθη, μη και αποστέργοντα το περίπλοκον ιστορήματα, μικρόν τι υπολείπονται όπως αναπτυχθώσιν εις μυθιστορήματα. Φαίνεται εκ τούτων ότι ρέπει προς την μυθιστοριογραφίαν την αρχέτυπον και περιπετειώδη, την γόνιμον εις πλοκάς και περιπλοκάς συμβάντων».
Το ότι ακριβώς συμπτύσσει μύθους με συστατικά μυθιστορήματος στην έκταση του διηγήματος και της νουβέλας αποτελεί και τούτο ένα μέρος της ιδιοτυπίας του.
Εντούτοις, παρ’ όλη τη σύμπτυξη, δεν κατορθώνει ν’ αποφύγει πάντοτε τους πλατειασμούς και τη χαλαρότητα στην αφήγηση. Γιατί ο τόσο σημαντικός κατά τα άλλα πεζογράφος Βιζυηνός παραμένει άνισος και στα πεζά του· όχι, σίγουρα, σε όσο βαθμό στην ποίησή του, πάντως, με ορισμένα κι εδώ ανεβοκατεβάσματα. Τα τέσσερα όμως κορυφαία αφηγηματικά του έργα, όπως το Ποίος ήτον ο φονεύς τον αδελφού μου, Μοσκώβ Σελήμ, Το αμάρτημα της μητρός μου και Το μόνον της ζωής τον ταξίδιον, αποτελούν συνθέσεις από κάθε άποψη ολοκληρωμένες, που του εξασφαλίζουν και μόνες τους μια θέση απ’ τις πιο ξεχωριστές στην αφηγηματική μας πεζογραφία.