Η συγγραφική σταδιοδρομία του Παπαδιαμάντη, ως ενός από τους εξέχοντες Έλληνες συγγραφείς, αρχίζει το 1887 με το λιτό μικρό διήγημα Το Χριστόψωμο, στο οποίο μια μητέρα κατά λάθος δηλητηριάζει το παιδί της, αντί για τη νύφη της. Όπως πολλά από τα διηγήματα τα οποία ακολούθησαν, πρόκειται για μια Χριστουγεννιάτικη ιστορία, ένα είδος το οποίο απαιτούσαν τότε οι εκδότες των περιοδικών, και εκτυλίσσεται στην ιδιαίτερη πατρίδα του Παπαδιαμάντη, τη Σκιάθο. Μετά το Χριστόψωμο ακολούθησαν περισσότερα από διακόσια μικρά και μεγάλα διηγήματα, τα μεγαλύτερα από τα οποία, Βαρδιάνος στα Σπόρκα (1893), Η Φόνισσα (19 03 ) και τα Ρόδινα ακρογιάλια (1907), χαρακτηρίστηκαν μυθιστορήματα κατά την πρώτη τους δημοσίευση (σε συνέχειες).

Από αυτά το πιο επιτυχημένο, χωρίς αμφιβολία, είναι Η Φόνισσα, το οποίο ο ίδιος ο Παπαδιαμάντης είχε χαρακτηρίσει «κοινωνικόν μυθιστόρημα». Η φόνισσα του τίτλου είναι μια ηλικιωμένη γυναίκα, της οποίας οι σκέψεις για την τύχη των γυναικών στην παραδοσιακή νησιωτική κοινωνία, σε συνδυασμό με την ταραχώδη (και γεμάτη προβλήματα) ιστορία της οικογένειάς της, την οδηγούν σε σειρά δολοφονιών μικρών κοριτσιών, πράξη που βλέπει ως εκδήλωση ελέους. Η ηρωίδα, η Φραγκογιαννού, τελικά αποκαλύπτεται και καταδιώκεται για να συλληφθεί· πνίγεται όμως στη θάλασσα, καθώς πηγαίνει σ' ένα ερημητήριο για να εξομολογηθεί τα αμαρτήματά της - και όπως το θέτει ο αφηγητής στο κείμενο, «...εις το ήμισυ του δρόμου μεταξύ της θείας και της ανθρωπίνης δικαιοσύνης». Η αφήγηση γίνεται με τεχνική αρτιότητα, ιδιαίτερα στο πρώτο μέρος, το οποίο αποτελείται από μια μακρά σειρά από ονειροπολήσεις και διαλογισμούς, όπου η αίσθηση της πραγματικότητας εκ μέρους της Φραγκογιαννούς μεταστρέφεται προοδευτικά και αδυσώπητα, έως ότου φτάνει στο σημείο να απηχεί τον Μάκβεθ: «Τίποτα δεν είναι παρά μόνο ό,τι δεν είναι». Αναλογιζόμενη τις κηδείες των νηπίων κοριτσιών που είχε παρακολουθήσει στο παρελθόν, αναπολεί:

«Όταν επέστρεφεν εις την νεκρώσιμον οικίαν η γραία Χαδούλα. δια να παρευρεθή την εσπέραν εις την παρηγοριάν, - παρηγορίαν καμμίαν δεν εύρισκε να είπη, μόνον ήτο χαρωπή όλη κι εμακάριζεν το αθώον βρέφος και τους γονείς του. Και η λύπη ήτο χαρά, και η θανή ήτο ζωή, και όλα ήσαν άλλα εξ άλλων

Α! ιδού... Κανέν πράγμα δεν είναι ακριβώς ό,τι φαίνεται, αλλά παν άλλο - μάλλον το εναντίον».

Ο τρόπος του Παπαδιαμάντη να χειρίζεται τα ζητήματα του εγκλήματος και της τιμωρίας, του ατόμου και της κοινωνίας, της ανθρώπινης και της θεϊκής τάξης, είναι τόσο προσεκτικά συγκροτημένος, ώστε το μυθιστόρημα να μπορεί να διαβαστεί ταυτόχρονα και ως απαγγελία κατηγορίας για τα κοινωνικά και οικονομικά βάρη, τα οποία επωμίζονταν οι γυναίκες στην παραδοσιακή ελληνική κοινωνία, ως μια Ντοστογιεφσκική διερεύνηση της ψυχολογίας του δολοφόνου, αλλά και ως μια Μιλτωνική προσπάθεια να «δικαιωθούν οι τρόποι του Θεού στους ανθρώπους».

Τα διηγήματα του Παπαδιαμάντη είναι ‘ρεαλιστικά’, με την έννοια ότι ο ρομαντικός έρωτας και τα ηρωικά ιδανικά προσγειώνονται συνεχώς στη σκληρή πραγματικότητα. Για παράδειγμα, στο διήγημα Έρως – Ήρως (1897) ο νεαρός άντρας που ανακαλύπτει ότι πάντρεψαν με άλλον την ερωμένη του, αναγνωρίζει, στην πορεία μιας αλυσίδας περίπλοκων και γρήγορων συλλογισμών, ότι ο αληθινός ηρωισμός δεν έγκειται στην εκδίκηση που κατ' ευκαιρία του προσφέρεται αλλά στην παραδοχή της μοίρας του. Σε πολλά διηγήματα, μάλιστα, όπου παρουσιάζεται η ζωή της μικρής παραδοσιακής κοινωνίας του νησιού του, ο Παπαδιαμάντης αφιερώνει μεγάλο μέρος στη λεπτομερή περιγραφή της φτώχειας, της απομόνωσης και της σκληρότητας του σκιαθίτικου χειμώνα. Από την άλλη μεριά, ο συγγραφέας, τουλάχιστον στα διηγήματα τα οποία εκτιμώνται ιδιαίτερα στις μέρες μας, υπερβαίνει τα όρια της ρεαλιστικής απεικόνισης της κοινωνίας. Πολλά από τα διηγήματα δεν αφηγούνται τα γεγονότα με την αλληλουχία αιτίας και αποτελέσματος, αλλά συμπαραθέτουν ήρωες, σκηνές, και φαινομενικά ασύνδετα μεταξύ τους περιστατικά, τη σύνδεση των οποίων ο αναγνώστης καλείται να πραγματοποιήσει μόνος του. Οι κριτικοί έχουν συχνά επισημάνει μια ‘ποιητικότητα’ ή ‘λυρικότητα’ στην πεζογραφία του Παπαδιαμάντη (έχει μάλιστα κερδίσει πολλούς επαίνους ιδιαίτερα από τους ποιητές), γνωρίσματα που συχνά αποδίδονται στα θέματα της ανεκπλήρωτης επιθυμίας και στην πιστή προσήλωση του συγγραφέα στις δοξασίες και τις τελετουργίες της Ορθόδοξης Εκκλησίας.

Αυτό που ο Παπαδιαμάντης κατάφερε να πετύχει με τα διηγήματά του, και ιδίως αυτά που φτάνουν τις ρεαλιστικές συμβάσεις του δέκατου ένατου αιώνα στα όριά τους, είναι να παρουσιάσει έναν αυτόνομο κόσμο που είναι ταυτόχρονα και ατελής. Ενδείξεις μιας ανεξιχνίαστης Πρόνοιας, η οποία βρίσκεται υπεράνω των πάντων, συνιστούν ο μεγάλος αριθμός των εκκλησιών, καθώς και οι εικόνες και οι τελετουργίες, που παίζουν πολύ σημαντικό ρόλο τόσο στην κοινωνική ζωή όσο και στα διηγήματα. Στην ίδια επίσης χορεία εντάσσονται το πάθος για τον ανεκπλήρωτο έρωτα και η νοσταλγία για τη χαμένη αθωότητα που απαντούν σε όλα τα διηγήματα. Ο Παπαδιαμάντης εκμεταλλεύεται τις τεχνικές της ρεαλιστικής αφήγησης ώστε να ερμηνεύσει την καθημερινή ‘πραγματικότητα’ ως οικτρά ατελή, ως κόσμον εκπεπτωκότα, όπου νοσταλγία και στέρηση, βάσανα και πίστη, σηματοδοτούν μια πολύ διαφορετική ‘πραγματικότητα’, η οποία δεν θα μπορούσε ποτέ να αναπαρασταθεί ‘ρεαλιστικά’.